W Prochowickim Przedsiębiorstwie Komunalnym Sp. z o.o. komórkami organizacyjnymi są samodzielne stanowiska pracy oraz działy organizacyjne zgromadzone w pięciu pionach:
Wszystkie komórki organizacyjne Spółki działają w oparciu o obowiązujące powszechnie przepisy, uchwały organów Spółki, wewnętrzne regulaminy, instrukcje i procedury.